Le « cinq » est purement indicatif, pas une règle stricte — c'est une moyenne observée : il faut souvent environ cinq itérations pour dépasser les explications de surface et atteindre une cause racine sur laquelle on peut réellement agir. Mais l'important n'est pas le nombre exact : c'est de continuer à creuser jusqu'à la cause racine, quel que soit le nombre de « pourquoi » nécessaires. Parfois, trois « pourquoi » suffisent (la cause profonde apparaît vite) ; parfois, il en faut sept ou plus (le problème est plus enfoui). Comment savoir qu'on est arrivé à la cause racine ? Quelques signes : on atteint une cause sur laquelle on peut agir concrètement (une action corrective devient évidente) ; continuer à demander « pourquoi » ne mène plus qu'à des causes trop générales, hors de portée (« pourquoi les humains font des erreurs ? ») ou qui bouclent ; et surtout, traiter cette cause devrait empêcher le problème de revenir (c'est le vrai test). À l'inverse, si vous vous arrêtez trop tôt (à un symptôme intermédiaire), le problème réapparaîtra. Le piège n'est donc pas de faire « trop » ou « pas assez » de pourquoi, mais de s'arrêter à la première explication venue (souvent un symptôme) par impatience — c'est justement ce que la méthode combat en forçant à continuer. Ne comptez pas religieusement jusqu'à cinq : creusez jusqu'à toucher quelque chose d'actionnable qui, réglé, empêchera le problème de se reproduire. Le « 5 » est un rappel qu'il faut généralement aller plus loin qu'on ne le croit spontanément.

Malgré sa puissance et sa simplicité, la méthode a des limites à connaître. Première limite : elle suppose des réponses justes à chaque étape. Comme chaque « pourquoi » s'appuie sur la réponse précédente, une erreur ou une supposition fausse en cours de route dévie toute la chaîne vers une mauvaise cause racine. Il faut donc s'appuyer sur des faits (vérifiés, pas des hypothèses) à chaque étape, sous peine de « démontrer » logiquement une fausse cause. Deuxième limite majeure : la méthode suit une chaîne linéaire unique, alors qu'un problème réel a souvent plusieurs causes qui se combinent (une panne peut résulter de plusieurs facteurs simultanés). Les 5 pourquoi risquent de n'en explorer qu'une branche et de manquer les autres. Pour les problèmes à causes multiples, le diagramme d'Ishikawa (section 2.3), qui cartographie toutes les familles de causes en parallèle, est plus adapté (ou on peut lancer plusieurs chaînes de 5 pourquoi à partir de différentes réponses). Troisième limite : la méthode dépend beaucoup de la personne qui la mène (deux personnes peuvent aboutir à des causes racines différentes selon leur point de vue et leurs connaissances) — d'où l'intérêt de la pratiquer en équipe et sur des faits. Enfin, elle peut inciter à s'arrêter à des causes humaines faciles (« parce que l'opérateur a mal fait ») au lieu de creuser les causes systémiques (« pourquoi le système a-t-il permis cette erreur ? ») — il faut résister à cette tentation de blâmer plutôt que de comprendre. Ces limites ne disqualifient pas la méthode (elle reste un excellent réflexe de base, rapide et sans outil), mais elles invitent à l'utiliser avec rigueur (sur des faits, en équipe) et à la compléter par d'autres outils (Ishikawa, QQOQCP) sur les problèmes complexes.